Un'ecocardiografia fetale non è un esame di routine che viene effettuato in tutte le gravidanze. L'esame va effettuato, per esempio, nelle madri di bambini con cardiopatia congenita in occasione delle loro successive gravidanze, oppure quando la gestante soffra di malattie particolari quali il diabete, o assuma farmaci che possano nuocere al concepimento. Un approfondimento ecocardiografico va poi effettuato tutte le volte che il ginecologo individui nell'ecografia di routine una qualsiasi malformazione fetale a carico di altri organi.
L'ecocardiografia fetale identifica circa il 90% delle malformazioni cardiache, contro il 50-70% dell'ecografia di routine. Alcune malformazioni possono sfuggire, ad esempio piccoli difetti del setto interventricolare. Altre volte, la diagnosi in utero di alcune anomalie non viene confermata alla nascita, è questo il caso di piccoli difetti interventricolari che possono chiudersi spontaneamente durante la vita fetale.